Cuando Windows Vista salió al mercado las operaciones comunes de un sistema de archivos tales como copiar o borrar se ejecutaban de manera significativamente más lenta que otros sistemas operativos o bien no eran ejecutadas.

Para copiar grandes archivos cuando se hacían procesos de migración de datos, parecía imposible lograr un rendimiento adecuado sin hacer uso de métodos indirectos como por ejemplo el uso de la consola. Después de seis meses, Microsoft confirmó la existencia de esos problemas lanzando una especial performance y update, que fue más tarde diseminada a través de Windows Update incluido en el SP1.

Debido al gasto de recursos de Windows Vista, muchos juegos famosos como Half-Life 2, Counter Strike, Doom 3, Quake 4, Halo 2 etc. mostraban una menor tasa de cuadros por segundo comparado con Windows XP. Algunos artículos confirmaban esto ya que era la consecuencia de la inmadurez del sistema gráfico de Windows Vista y también del mismo Windows Vista. La implementación de DirectX 10 y de la versión 9.0 de DirectX ha hecho que Windows Vista tenga muchas incompatibilidades.

Las especulaciones iniciales sobre los requerimentos de Windows Vista fueron aclaradas en marzo de 2006, cuando Microsoft sacó a la luz los requerimentos de hardware oficiales, en donde explicaba que muchas computadoras actuales estarían en condición de poder ejecutar Windows Vista sin problemas. Sin embargo, muchas de las características que fueron bandera para la propaganda de Windows Vista no se pueden ejecutar de manera adecuada según los requerimentos que Microsoft estableció. De acuerdo a Elizabeth Judge, muchas de estas características sólo "podrían ejecutarse en menos del 5 por ciento de las PC en Gran Bretaña".

Con las nuevas características de Windows Vista, las baterías de las portátiles se consumen mucho más rápido, en comparación con otros sistemas operativos tales como Linux, MacOS X o incluso Windows XP. Aunque en el Service Pack 1, que ya ha sido lanzado, se corrige este problema.

Los problemas de compatibilidad de Windows Vista son tantos que incluso se pueden citar ejemplos con los mismos productos de Microsoft. Esta baja compatibilidad con la mayoría de software del mercado ha hecho que incluso se deban reescribir muchas aplicaciones, en especial para la versión de 64 bits.

En Windows Vista también puede aparecer, aparte del pantallazo de la muerte de Bill Gates (pantallazo azul), un pantallazo más que es el rojo. Los pantallazos de la muerte seguirán saliendo, y el pantallazo rojo se producirá en caso de un error grave en la carga de Windows.